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Enregistrement W1767575128

Two faces of the prokaryote concept.

2006· article· en· W1767575128 sur OpenAlexaff
Jan Sapp

Notice bibliographique

RevuePubMed · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProkaryotePolyphylyBiologyEukaryotePhilosophy of biologyContext (archaeology)MonophylyPhylogeneticsEvolutionary biologyEpistemologyPhilosophyBacteriaPhilosophy of scienceGeneticsPaleontologyGenomeGene
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bacteria had remained undefined when, in 1962, Roger Y. Stanier and C.B. van Niel published their famed paper ''The concept of a bacterium.'' The articulation of the prokaryote-eukaryote dichotomy was a vital moment in the history of biology. This article provides a brief overview of the context in which the prokaryote concept was successfully launched in the 1960s, and what it was meant to connote. Two concepts were initially distinguished within the prokaryote-eukaryote dichotomy at that time. One was organizational and referred to comparative cell structure; the other was phylogenetic and referred to a ''natural'' classification. Here, I examine how the two concepts became inseparable; how the prokaryotes came to signify a monophyletic group that preceded the eukaryotes, and how this view remained unquestioned for 15 years, until the birth of molecular evolutionary biology and coherent methods for bacteria phylogenetics based on 16S rRNA. Today, while microbial phylogeneticists generally agree that the prokaryote is a polyphyletic group, there is no agreement on whether the term should be maintained in an organizational sense.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,032

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0050,038
Communication savante0,0100,015
Science ouverte0,0010,007
Intégrité de la recherche0,0050,011
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,190
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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