Identification of novel proteins in isolated polyphosphate vacuoles in the primitive red alga <i>Cyanidioschyzon merolae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Plant vacuoles are organelles bound by a single membrane, and involved in various functions such as intracellular digestion, metabolite storage, and secretion. To understand their evolution and fundamental mechanisms, characterization of vacuoles in primitive plants would be invaluable. Algal cells often contain polyphosphate-rich compartments, which are thought to be the counterparts of seed plant vacuoles. Here, we developed a method for isolating these vacuoles from Cyanidioschyzon merolae, and identified their proteins by MALDI TOF-MS. The vacuoles were of unexpectedly high density, and were highly enriched at the boundary between 62 and 80% w/v iodixanol by density-gradient ultracentrifugation. The vacuole-containing fraction was subjected to SDS-PAGE, and a total of 46 proteins were identified, including six lytic enzymes, 13 transporters, six proteins for membrane fusion or vesicle trafficking, five non-lytic enzymes, 13 proteins of unknown function, and three miscellaneous proteins. Fourteen proteins were homologous to known vacuolar or lysosomal proteins from seed plants, yeasts or mammals, suggesting functional and evolutionary relationships between C. merolae vacuoles and these compartments. The vacuolar localization of four novel proteins, namely CMP249C (metallopeptidase), CMJ260C (prenylated Rab receptor), CMS401C (ABC transporter) and CMT369C (o-methyltransferase), was confirmed by labeling with specific antibodies or transient expression of hemagglutinin-tagged proteins. The results presented here provide insights into the proteome of C. merolae vacuoles and shed light on their functions, as well as indicating new features.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».