Analytical performance of a standardized single‐platform MHC tetramer assay for the identification and enumeration of CMV‐specific CD8+ T lymphocytes
Notice bibliographique
Résumé
Major histocompatibility complex (MHC) multimers that identify antigen-specific T cells, coupled with flow cytometry, have made a major impact on immunological research. HLA Class I multimers detect T cells directed against viral, tumor, and transplantation antigens with exquisite sensitivity. This technique has become an important standard for the quantification of a T cell immune response. The utility of this method in multicenter studies, however, is dependant on reproducibility between laboratories. As part of a clinical study using a standardized two-tube three-color single-platform method, we monitored and characterized performance across multiple sites using tetramers against the T cell receptors (TCR) specific for MHC Class I, A*0101--VTEHDTLLY, A*0201--NLVPMVATV and B*0702--TPRVTGGGAM CMV peptides. We studied the analytical performance of this method, focusing on reducing background, maximizing signal intensity, and ensuring that sufficient cells are enumerated to provide meaningful statistics. Inter and intra-assay performance were assessed, which included inherent variability introduced by shipping, type of flow cytometer used, protocol adherence, and analytical interpretation across a range of multiple sample levels and specificities under routine laboratory testing conditions. Using the described protocol, it is possible to obtain intra- and interlab CV's of <20%, with a functional sensitivity for absolute tetramer counts of 1 cell/microL and 0.2% tetramer+ percent for A*0101, A*0201, and B*0702 alleles. The standardized single-platform MHC tetramer assay is simple, rapid, reproducible, and useful for assessing CMV-specific T cells, and will allow for reasonable comparisons of clinical evaluations across multiple centers at clinically relevant thresholds (2.0-10.0 cells/microL).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».