Geographical isolation in hot spring cyanobacteria
Notice bibliographique
Résumé
It has been proposed that free-living microorganisms exhibit ubiquitous dispersal, do not form geographically isolated populations and rarely (if ever) speciate via allopatry. We studied island-like hot spring cyanobacterial communities in which geographical isolation should be prominent and detectable if it influences the evolution of bacteria. The genetic diversity of cyanobacteria indigenous to North American, Japanese, New Zealand and Italian springs was surveyed by (i) amplification and cloning of 16S rRNA and 16S-23S internal transcribed spacer regions; (ii) lineage-specific oligonucleotide probing (used to verify the predominance of cloned sequences); and (iii) lineage-specific polymerase chain reaction (PCR) (used to search for possible rare genotypes). Phylogenetic and distribution patterns were found to be consistent with the occurrence of geographical isolation at both global and local spatial scales, although different cyanobacterial lineages were found to vary in their distribution. A lack of correspondence between biological patterning and the chemical character of springs sampled suggested that the geographical distribution of thermophilic cyanobacteria cannot be explained by the 20 potential niche-determining chemical parameters that we assayed. Thus, geographical isolation (i.e. genetic drift) must in part be responsible for driving the observed evolutionary divergences. Geographical isolation may be an important underestimated aspect of microbial evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».