Abstract 364: Ottawa Heart Genomic Study: Discovery Of Novel Genes For Coronary Artery Disease By Genome-wide Association Utilizing The 500k SNP Array
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: To identify genes predisposing to Coronary Artery Disease (CAD). Methods: We selected the unbiased approach of using the genome wide scan association case control method. Using the Affymetrix 500K SNP array that that average a marker every 6,000 base pairs, we estimated that to detect a Minor Allele Frequency (MAF) of ≥ 10%, an odds ratio for risk of > 1.3 with 90% power would require 14,000 subjects (9,000 cases and 5,000 controls). Phase I consists of genotyping of 1,000 cases of early onset CAD and 1,000 asymptomatic older controls. Phase II will determine whether SNPs showing an association in Phase 1 are replicated in 8,000 cases and 4,000 controls. The phenotype is confirmed or excluded by coronary arteriograms obtained by catheterization or multi-slice CT. Cases with diabetes mellitus are excluded. Results: Initiated in 2005, over one billion genotypes have been performed and analyzed for 1,054 controls and 997 cases completing Phase I. Starting with data on 500,668 SNPs, control genotypes that were monoallelelic (21,668 SNPs) or not in Hardy Weinberg equilibrium were excluded using a false discovery rate (FDR) Q value <0.001 (1,473 SNPs). Individual SNPs with call rates <95% (30,826 SNPs) in cases and controls were excluded, leaving 446,701 SNPs. Fisher’s exact test was used to compare genotypes between cases and controls (FDR Q value <0.05), identifying 2,819 significant SNPs. SNPs with a MAF < 0.01 in both cases and controls (598 SNPs) were removed leaving 2,221 significant SNPs. 14 SNPs in exons were non-synonymous, i.e. cause amino acid substitutions. 53 clusters of SNPs (defined as ≥3 SNPs) within genes and 45 between genes were identified, including one at 9p21.3 that was replicated in multiple independent populations (McPherson et al., Science Express 2007 - in press). In addition, 13 SNPs were identified on the X chromosome. There was no evidence of stratification in our population. SNPs showing significant association with CAD are being assessed in an independent population during Phase II. Conclusions: This is the first genome wide scan for CAD genes utilizing 500,668 markers. Phase I has identified many genes not previously known to be associated with CAD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».