Molecular cloning, genomic organization and functional analysis of the ribosomal protein L4/L1 (<i>RPL4</i>) gene from <i>Arachis hypogaea</i>
Notice bibliographique
Résumé
Wu, Q., Wang, X. Z., Tang, Y. Y., Yu, H. T., Cui, F. G., Zhang, J. C. and Wang, C. T. 2014. Molecular cloning, genomic organization and functional analysis of the ribosomal protein L4/L1 (RPL4) gene from Arachis hypogaea. Can. J. Plant Sci. 94: 85–97. The ribosomal proteins have been shown to be important in plant polarity establishment, cell proliferation, leaf shape and auxin-related development. The RPL4 protein is crucial for the maintenance of ribosomal translational efficiency and fidelity. This study concerns the RPL4 gene from Arachis hypogaea. The full-length cDNA (1538 bp) of RPL4 consisted of an open-reading frame of 1221 bp encoding 406 amino acids. The genomic DNA sequence of RPL4 gene consisted of 1491 bp containing two exons and one 270-bp intron. The RPL4 mRNA transcript was mainly expressed in roots and leaves, and fewer signals were detected in stems. The sequence data revealed that RPL4 encoded a typical ribosomal protein L4/L1e domain. Phylogenetic analysis for genes encoding proteins showed that RPL4 were conserved within dicotyledonous and monocotyledonous plants. The ratios of nonsynonymous/synonymous substitution rate (ω=d N/d S) were analyzed. No sites were identified under positive selection. In the whole RPL4 sequence, d S greatly exceeded d N in all branches of the tree (d N/d S<< 1.0), indicating that functional constraints (purifying selection) have acted on RPL4 throughout evolution. The differences among plants and animals and Caenorhabditis elegans may indicate functional differentiation during species evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».