Mutations in a novel serine protease PRSS56 in families with nanophthalmos.
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Nanophthalmos is a rare genetic ocular disorder in which the eyes of affected individuals are abnormally small. Patients suffer from severe hyperopia as a result of their markedly reduced axial lengths, but otherwise are capable of seeing well unlike other more general forms of microphthalmia. To date one gene for nanophthalmos has been identified, encoding the membrane-type frizzled related protein MFRP. Identification of additional genes for nanophthalmos will improve our understanding of normal developmental regulation of eye growth. METHODS: We ascertained a cohort of families from eastern Canada and Mexico with familial nanophthalmos. We performed high density microsatellite and high density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to identify potential chromosomal regions of linkage. We sequenced coding regions of genes in the linked interval by traditional PCR-based Sanger capillary electrophoresis methods. We cloned and sequenced a novel cDNA from a putative causal gene to verify gene structure. RESULTS: We identified a linked locus on chromosome 2q37 with a peak logarithm (base 10) of odds (LOD) score of 4.7. Sequencing of coding exons of all genes in the region identified multiple segregating variants in one gene, recently annotated as serine protease gene (PRSS56), coding for a predicted trypsin serine protease-like protein. One of our families was homozygous for a predicted pathogenic missense mutation, one family was compound heterozygous for two predicted pathogenic missense mutations, and one family was compound heterozygous for a predicted pathogenic missense mutation plus a frameshift leading to obligatory truncation of the predicted protein. The PRSS56 gene structure in public databases is based on a virtual transcript assembled from overlapping incomplete cDNA clones; we have now validated the structure of a full-length transcript from embryonic mouse brain RNA. CONCLUSIONS: PRSS56 is a good candidate for the causal gene for nanophthalmos in our families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».