A theoretical study of hydration effects on structural stability and hydrogen-bonding dynamics of 2′-deoxyguanosine 5′-monophosphate with different negative charges
Notice bibliographique
Résumé
The effects of hydration on the ground-state structural stability and excited-state hydrogen-bonding dynamics of 2′-deoxyguanosine 5′-monophosphate (dGMP) carrying different negative charges were investigated with B3LYP/6–31+G(d,p) using density functional theory (DFT) and time-dependent density functional theory (TDDFT) methods, respectively. Particularly, we not only considered the solvent effects by the polarizible continuum model (PCM), but also the first solvation shell was included explicitly. We demonstrated that the intramolecular hydrogen bond O2–H1···O3 will be weakened with the strengthening of the hydration. From the view of bond length, we can make a valid presumption that the site of negative charge will be the more preferable site of the hydration, and the preferable site may be changed because of the presence of other hydrogen bonds. Furthermore, we found that the first solvation shell had very little effect on the geometric structures except for the hydrogen bond P–O5···H5. By comparing the excitation energies, one important finding is that the changes in different electronic states are not obvious with the increase in n value when considering the PCM. Another finding is that the average interactions of hydrogen bonds may be strengthened with an increase of negative charge because of a decrease in excitation energies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».