The Circumscription of the Dicranaceae (Bryopsida) Based on the Chloroplast Regions trnL—trnF and rps4
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Dicranaceae have been classified as one of the largest, most heterogeneous families of the moss subclass Dicranidae. Circumscriptions of the family have varied, with some studies excluding selected subfamilies and recognizing them at the familial rank, whereas others have retained a broader familial concept. As well, classifications have varied in their generic circumscriptions of the subfamilies. Chloroplast DNA sequence data (trnL (UAA)—trnF (GAA) and rps4) were used to examine the monophyly of the family and phylogenetic relationships among the subfamilial and generic taxa. Special emphasis was given to subfamily Dicranoideae, with 18 of the 23 genera sampled. Seventy-four trnL-F and rps4 sequences formed a matrix of 1161 aligned base pairs (bp). Phylogenetic analyses using MP and ML criteria were based on 983 bp (333 parsimony informative) after ambiguous data were removed. Our results support the following inferences: 1) Dicranaceae as traditionally defined are polyphyletic; 2) subfamilies Campylopodioideae, Dicranelloideae, Rhabdoweisioideae, and Trematodontoideae are excluded from a robust monophyletic concept of the Dicranaceae; 3) subfamily Dicranoideae is polyphyletic unless 16 genera are excluded from the subfamily, seven of which are transferred to the Rhabdoweisiaceae; 3) subfamily Paraleucobryoideae is polyphyletic with Brothera resolved in the Leucobryaceae clade and Paraleucobryum nested within subfamily Dicranoideae; 4) Dicnemonaceae (including Mesotus) and Wardiaceae are nested within traditional members of the Dicranaceae; and 5) four clades—Dicranoideae, Mesotoideae, Dicranoloma group plus Wardia, and the Leucoloma group, form a robust monophyletic taxon, considered here as a restricted concept of Dicranaceae (sensu stricto). This circumscription excludes 18 genera that have previously been included in the Dicranaceae. Communicating Editor: Alan T. Whittemore
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».