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Enregistrement W1826326021 · doi:10.1186/s12864-015-2105-0

Fine mapping of a large-effect QTL conferring Fusarium crown rot resistance on the long arm of chromosome 3B in hexaploid wheat

2015· article· en· W1826326021 sur OpenAlexaff
Zhi Zheng, Jian Ma, Jiri Stiller, Qiang Zhao, Qi Feng, Frédéric Choulet, Catherine Feuillet, Youliang Zheng, Yuming Wei, Bin Han, Guijun Yan, John M. Manners, Chunji Liu

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycotoxins in Agriculture and Food
Établissements canadiensInstitute for Biological Sciences
Organismes subventionnairesSichuan Agricultural UniversityChina Scholarship CouncilCommonwealth Scientific and Industrial Research Organisation
Mots-clésBiologyQuantitative trait locusLocus (genetics)GeneticsPopulationGene mappingGenetic linkagePositional cloningMicrosatellitePlant disease resistanceGeneGenetic markerChromosomeAllele

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Fusarium crown rot (FCR) is a major cereal disease in semi-arid areas worldwide. Of the various QTL reported, the one on chromosome arm 3BL (Qcrs.cpi-3B) has the largest effect that can be consistently detected in different genetic backgrounds. Nine sets of near isogenic lines (NILs) for this locus were made available in a previous study. To identify markers that could be reliably used in tagging the Qcrs.cpi-3B locus, a NIL-derived population consisting of 774 F10 lines were generated and exploited to assess markers selected from the existing linkage map and generated from sequences of the 3B pseudomolecule. RESULTS: This is the first report on fine mapping a QTL conferring FCR resistance in wheat. By three rounds of linkage mapping using the NILs and the NIL-derived population, the Qcrs.cpi-3B locus was mapped to an interval of 0.7 cM covering a physical distance of about 1.5 Mb. Seven markers co-segregating with the locus were developed. This interval contains a total of 63 gene-coding sequences based on the 3B pseudomolecule, and six of them were known to encode disease resistance proteins. Several of the genes in this interval were among those responsive to FCR infection detected in an earlier study. CONCLUSIONS: The accurate localization of the Qcrs.cpi-3B locus and the development of the markers co-segregating with it should facilitate the incorporation of this large-effect QTL conferring FCR resistance into breeding programs as well as the cloning of the gene(s) underlying the QTL.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,326
Score d'incertitude au seuil0,262

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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