De Novo Mutations Causing Shwachman-Diamond Syndrome and a Founder Mutation in SBDS in the French Canadian Population
Notice bibliographique
Résumé
We summarize the molecular findings in a patient cohort with Shwachman-Diamond syndrome that underwent genetic diagnostic testing. We could confirm a molecular diagnosis in 81 individuals. Our data is consistent with previous findings that the most common mutations in SBDS are recurrent gene conversion mutations in exon 2, c.258+2T>C or c.183_184delinsCT. The patients diagnosed either had two recurrent mutations (78%), or one recurrent mutation and a rare family-specific mutation (22%). We identified six unrelated individuals with SDS of French Canadian decent with the c.120del (p.Arg39fsX) mutation. Molecular analysis revealed that this mutation occurs with a founder haplotype. The opposing SBDS mutation present in these individuals was the common c.258+2T>C mutation, which was on a different haplotype in all five families. In addition, we estimated that approximately 9% (5 out of a subset of 54 patients with parent information) of the SDS individuals had a de novo mutation on one allele and an inherited mutation on the other allele. The de novo mutations were either recurrent gene conversion mutations (n=3) or rare point mutations (n=2). The occurrence of de novo mutation requires that parental carrier testing be performed for accurate familial risk assessment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».