O potencial do DNA barcode na identificação de espécies de aves neotropicais
Notice bibliographique
Résumé
\n O presente trabalho foi organizado em cinco capítulos. No primeiro é apresentada uma breve revisão da bibliografia relacionada ao DNA barcode, apontando as aplicações e os limites desse marcador. Os resultados obtidos são apresentados nos três capítulos subsequentes. O segundo capítulo teve como objetivo avaliar o potencial do método de DNA barcoding na distinção de 783 amostras de 228 espécies diferentes de aves neotropicais de 16 ordens baseado na diferença dos valores de divergências intra- e interespecíficas. O DNA barcode permitiu a diagnose da maioria das espécies tanto utilizando os valores de distância quanto os agrupamentos nas árvores de Neighbor-joining (NJ), mostrando ser um marcador muito útil na identificação rápida de aves neotropicais. Além disso, verificamos que ele gera informações que podem ser relevantes a estudos biogeográficos. Foram identificadas espécies proximamente relacionadas que não puderam ser identificadas seguindo essa metodologia, todas pertencentes aos psitaciformes. Assim, o objetivo do capítulo seguinte foi investigar se há caracteres diagnósticos no coxI de pares de espécies irmãs de psitacídeos neotropicais (gêneros Amazona, Ara, Aratinga, Brotogeris e Graydidascalus) e de grupos que não puderam ser identificados nas análises anteriores devido a baixas distâncias interespecíficas ou por não formarem clados reciprocamente monofiléticos nas árvores de NJ (espécies dos gêneros Amazona, Aratinga, Myiopsitta, Pionites, Pyrrhura e Rhynchopsitta). As espécies irmãs apresentaram de quatro a 39 sítios diagnósticos puros e as espécies proximamente relacionadas apresentaram de um a 11 sítios diagnósticos. Apenas as espécies Rhynchopsitta pachyrhyncha e R. terrisi e as espécies Amazona aestiva e A. ochrochephala, não apresentaram caracteres diagnósticos exclusivos e, portanto não puderam ser identificadas. Os resultados mostraram que é possível identificar grande parte das espécies proximamente relacionadas desse grupo de aves utilizando caracteres diagnósticos do DNA barcode. O penúltimo capítulo teve como objetivo identificar espécies de embriões de aves apreendidos do tráfico internacional de animais, utilizando o DNA barcode. Das 58 amostras totais, 93% foram identificadas, sendo três amostras de Ara ararauna, duas de Triclaria malachitacea e 49 de Alipiopsitta xanthops. As quatro amostras restantes (7%) foram identificadas como Amazona aestiva e/ou Amazona ochrochephala. Essas espécies formam um complexo já descrito em alguns trabalhos de filogenia molecular, o que inviabiliza qualquer sistema de identificação de espécies ao nível molecular. O DNA barcoding parece ser eficaz na correta identificação de espécies de aves e é especialmente útil em casos nos quais dados morfológicos não são acessíveis, como o presente exemplo. Por fim são descritas as principais conclusões de cada capítulo.\n
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».