Signature sequences in diverse proteins provide evidence for the late divergence of the Order Aquificales.
Notice bibliographique
Résumé
The Aquificales species are presently believed to be the earliest branching lineage within Bacteria. However, the branching order of this group in different phylogenetic trees is highly variable and not resolved. In the present work, the phylogenetic placement of Aquificales was examined by means of a cladistic approach based on the shared presence or absence of definite signature sequences (consisting of conserved inserts or deletions) in many highly conserved and important proteins, e.g. RNA polymerase beta (RpoB), RNA polymerase beta (RpoC), alanyl-tRNA synthetase (AlaRS), CTP synthase, inorganic pyrophosphatase (PPase), Hsp70 and Hsp60. For this purpose, fragments of the above genes that contained the signature regions were cloned from different Aquificales species (Calderobacterium hydrogenophilum, Hydrogenobacter marinus, and Thermocrinis ruber) and the sequence data were compared with those available from all other species. The presence in Aquificales species of distinctive inserts in Hsp70 and Hsp60 that are not found in any Firmicutes, Actinobacteria, or Thermotoga-Clostridium species excluded them from these groups of Bacteria. The shared presence of prominent indels in the RpoB (>100 amino acids), RpoC (>100 amino acids) and AlaRS (4 amino acids) proteins, which are only found in the various Aquificales species, the Chlamydiae, the CFBG (Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides-green sulfur bacteria) group, and Proteobacteria, strongly suggests their placement within these groups of Bacteria. A specific relationship between Proteobacteria and Aquificales is suggested by the presence in inorganic pyrophosphatase of a 2-amino-acid insert that is uniquely found in these phyla. However, the Aquificales species lacked a number of other protein signatures (e.g. indels in CTP synthase and Hsp70) that are characteristic of Proteobacteria, indicating that they constitute a distinct phylum related to Proteobacteria. These results provide strong and consistent evidence that the Aquificales diverged after the branching of Firmicutes, Actinobacteria, Thermotoga, Deinococcus-Thermus, green nonsulfur bacteria, Cyanobacteria, Spirochetes, Chlamydiae, and CFBG group, but before the emergence of the Proteobacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».