The common ecotoxicology laboratory strain of <i>Hyalella azteca</i> is genetically distinct from most wild strains sampled in Eastern North America
Notice bibliographique
Résumé
The amphipod Hyalella azteca is commonly used as a model for determining safe concentrations of contaminants in freshwaters. The authors sequenced the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene for representatives of 38 populations of this species complex from US and Canadian toxicology research laboratories and eastern North American field sites to determine their genetic relationships. With 1 exception, all US and Canadian laboratory cultures sampled were identified as conspecific. In 22 wild populations spanning 5 US states and 1 Canadian province, the commonly occurring laboratory species was found only in northern Florida, USA. Therefore, the diversity of the H. azteca species complex detected in the wild is not accurately represented in North American laboratories, questioning the reliability of H. azteca cultures currently in use to accurately predict the responses of wild populations in ecotoxicological assays. The authors also examined the utility of different COI nucleotide fragments presently in use to determine phylogenetic relationships in this group and concluded that saturation in DNA sequences leads to inconsistent relationships between clades. Amino acid sequences for COI were not saturated and may allow a more accurate phylogeny estimate. Hyalella azteca is crucial for developing water-quality regulations; therefore, laboratories should know and standardize the strain(s) they use to confidently compare toxicity tests across laboratories and determine whether they are an appropriate surrogate for their regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».