Lrp–DNA complex stability determines the level of ON cells in type P fimbriae phase variation
Notice bibliographique
Résumé
F165(1) and the pyelonephritis-associated pili (Pap) are two members of the type P family of adhesive factors that play a key role in the establishment of disease caused by extraintestinal Escherichia coli (ExPEC) strains. They are both under the control of an epigenetic and reversible switch that defines the number of fimbriated (ON) and afimbriated (OFF) cells within a clonal population. Our present study demonstrates that the high level of ON cells found during F165(1) phase variation is due to altered stability of the DNA complex formed by the leucine-responsive regulatory protein (Lrp) at its repressor binding sites 1-3; after each cell cycle, complex formation is also modulated by the local regulator FooI (homologue to PapI) which promotes the transit of Lrp towards its activator binding sites 4-6. Furthermore, we identified two nucleotides (T490, G508) surrounding the Lrp binding site 1 that are critical to maintaining a high OFF to ON switch rate during F165(1) phase variation, as well as switching Pap fimbriae towards the OFF state.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».