Structural characterization of <i>Helicobacter pylori</i> dethiobiotin synthetase reveals differences between family members
Notice bibliographique
Résumé
Dethiobiotin synthetase (DTBS) is involved in the biosynthesis of biotin in bacteria, fungi, and plants. As humans lack this pathway, DTBS is a promising antimicrobial drug target. We determined structures of DTBS from Helicobacter pylori (hpDTBS) bound with cofactors and a substrate analog, and described its unique characteristics relative to other DTBS proteins. Comparison with bacterial DTBS orthologs revealed considerable structural differences in nucleotide recognition. The C‐terminal region of DTBS proteins, which contains two nucleotide‐recognition motifs, differs greatly among DTBS proteins from different species. The structure of hpDTBS revealed that this protein is unique and does not contain a C‐terminal region containing one of the motifs. The single nucleotide‐binding motif in hpDTBS is similar to its counterpart in GTPases; however, isothermal titration calorimetry binding studies showed that hpDTBS has a strong preference for ATP. The structural determinants of ATP specificity were assessed with X‐ray crystallographic studies of hpDTBS·ATP and hpDTBS·GTP complexes. The unique mode of nucleotide recognition in hpDTBS makes this protein a good target for H. pylori ‐specific inhibitors of the biotin synthesis pathway. Database Coordinates and structure factors for structures presented in this article have been deposited in the Protein Data Bank under the following accession codes: 2QMO – apo‐form; 3MLE – hpDTBS·8‐ac·ADP· in P 2 1 2 1 2 1 form; 3QXC – hpDTBS·ATP; 3QXH – hpDTBS·8‐ac:ADP· in C 2 form; 3QXJ – hpDTBS·GTP; 3QXS – hpDTBS·ANP; 3QXX – 8‐ac·GDP· ; and 3QY0 – hpDTBS·GDP· . Structured digital abstract hpDTBS and hpDTBS bind by x‐ray crystallography ( View interaction )
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».