Global spread and evolution of viral haemorrhagic septicaemia virus
Notice bibliographique
Résumé
Viral haemorrhagic septicaemia virus (VHSV) is a rhabdovirus that infects over 48 species of teleosts and is lethal in many. VHSV threatens marine and aquatic fisheries. VHSV was first discovered outside Europe in 1988 in fish from the Pacific coast of North America. In 1994, VHSV was discovered in Newfoundland. In 2003, VHSV was isolated from fish in Lake St. Clair (Michigan and Ontario). In this study, we used 46 nucleotide sequences for the glycoprotein gene from 12 studies and 150 nucleotide sequences for the nucleoprotein gene from nine studies. We combined phylogenetics and a geographic information system to visualize the transmission paths of VHSV lineages. We also reconstructed the spread of VHSV lineages through optimization of geographic data for viral isolates on phylogenetic trees. We demonstrate that VHSV was transmitted from the North Atlantic Ocean and/or Baltic Sea to the Atlantic coast of North America and Japan in independent events. From the Atlantic coast, the virus was transmitted independently to the Laurentian Great Lakes and the Pacific coast of Canada and the contiguous United States. From the Pacific Northwest, the virus was transmitted to Asia and Alaska in independent events. These results clarify the debate ongoing in the literature on the geographic spread of VHSV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».