High Resolution Parallel Reaction Monitoring with Electron Transfer Dissociation for Middle-Down Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
In recent years, middle-down proteomics has emerged as a popular technique for the characterization and quantification of proteins not readily amenable to typical bottom-up approaches. So far, all high resolution middle-down approaches are done in data-dependent acquisition mode, using both collision-induced dissociation or electron capture/transfer dissociation techniques. Here, we explore middle-down proteomics with electron transfer dissociation using a targeted acquisition mode, parallel reaction monitoring (PRM), on an Orbitrap Fusion. As an example of a highly modified protein, we used histone H3 fractions from untreated and DMSO-treated Murine ErythroLeukemia (MEL) cells. We first determined optimized instrument parameters to obtain high sequence coverage using a synthetic standard peptide. We then setup a combined method of both MS1 scans and PRM scans of the 20 most abundant combinations of methylation and acetylation of the +10 charge state of the N-terminal tail of H3. Weak cation exchange hydrophilic interaction chromatography was used to separate the N-terminal H3 tail, primarily, by its acetylation and, to a secondary degree, by its methylation status, which aided in the interpretation of the results. After deconvolution of the highly charged ions, peaks were annotated to a minimum set of 254 H3 proteoforms in the untreated and treated samples. Upon DMSO treatment, global quantitation changes from the MS1 level show a relative decrease of 2, 3, 4, and 5 acetylations and an increase of 0 and 1 acetylations. A fragment ion map was developed to visualize specific differences between treated and untreated samples. Taken together, the data presented here show that middle-down proteomics with electron transfer dissociation using PRM is a novel, attractive method for the effective analysis and quantification of large and highly modified peptides.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».