Abstract 1886: Highly sensitive detection of circulating tumor DNA in plasma as a biomarker of colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Circulating tumor DNA (ctDNA) from the blood of cancer patients is a promising biomarker of certain types of colorectal cancer, with potential use in screening, treatment selection, therapy response monitoring, minimal residual disease detection, and surveillance. We present results demonstrating that the OnTarget ctDNA detection assay can be used as an indicator of the presence of genomic variants associated with colorectal cancer in patients prior to treatment. The study includes three cohorts of individuals: young normal controls, age-matched normal controls, and colorectal cancer patients whose blood was drawn prior to treatment or surgery, and whose diagnosis confirms the presence of a colorectal tumor. Tissue from the primary tumor biopsy was also collected and analyzed with the OnTarget assay. Using Boreal Genomics' OnTarget 46-mutation panel, we find high correlation between the tumor mutational profile and the plasma mutation profile even for early stage patients demonstrating high sensitivity (88% plasma-tissue concordance to date) of the assay. By applying the same assay in the normal population we demonstrate extremely low false positive rates, highlighting the potential of the assay as a tool for therapy monitoring, surveillance, or screening. The OnTarget assay is capable of single molecule sensitivity, specificity to ≤0.01% mutation abundance versus wild-type, and multiplexing of over 100 mutations in a single test from a single plasma sample. The OnTarget technology employs a combination of Next Generation DNA Sequencing and a proprietary target selection process that removes wild-type DNA prior to amplification to greatly improve signal to noise and reduce the error rate of sequencing. We present an overview of the technology and results from an ongoing study to demonstrate the potential clinical utility of ctDNA as an effective biomarker to guide management of colorectal cancer. Citation Format: Matthew Wiggin, Jaryn Perkins, Laura Mai, Valentina Vysotskaia, Andre Marziali. Highly sensitive detection of circulating tumor DNA in plasma as a biomarker of colorectal cancer. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 1886. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-1886
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».