Distinguishing between calpain heterodimerization and homodimerization
Notice bibliographique
Résumé
The two main mammalian calpains, 1 and 2, are heterodimers of a large 80 kDa and a small 28 kDa subunit that together bind multiple calcium ions during enzyme activation. The main contact between the two subunits of these intracellular cysteine proteases is through a pairing of the fifth EF-hand of their C-terminal penta-EF-hand (PEF) domains. From modeling studies and observation of crystal structures, it is not obvious why these calpains form heterodimers with the small subunit rather than homodimers of the large subunit, as suggested for calpain 3 (p94). Therefore, we have used a differential tagging system to determine which of the other PEF domain-containing calpains form heterodimers and which form homodimers. His6-tagged PEF domains of calpains 1, 3, 9 and 13 were coexpressed with the PEF domain of the small subunit that had been tagged with an antifreeze protein. As predicted, the PEF domain of calpain 1 heterodimerized and that of calpain 3 formed a homodimer. The PEF domain of digestive tract-specific calpain 9 heterodimerized with the small subunit, and that of calpain 13, prevalent in lung and testis, was mainly found as a homodimer with a small amount of heterodimer. These results indicate whether recombinant production of a particular calpain requires coexpression of the small subunit, and whether this calpain is likely to be active in a small subunit knockout mouse. Furthermore, as the endogenous inhibitor calpastatin binds to PEF domains on the large and small subunit, it is less likely that the homodimeric calpains 3 and 13 with two active sites will bind or be silenced by calpastatin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».