Ancient DNA analysis of northeast Pacific humpback whale (Megaptera novaeangliae)
Notice bibliographique
Résumé
The main goal of this ancient DNA-based study was to analyze archaeological whale skeletal remains from the west coast of Vancouver Island, British Columbia to investigate population genetic diversities of humpback whales pre-dating industrial whaling. This study also examined whale hunting practices of early indigenous people by revealing potential species selections. Nuu-chah-nulth people are believed to have hunted whales for millennia and numerous whale bones have been recovered from archaeological middens from the region. Whale skeletal remains (N=264) from two archaeological sites (Ts’ishaa and Huu7ii) were analyzed using ancient DNA techniques, with 84% of the samples yielding amplifiable DNA. Nearly 79% of the samples were identified as humpback whale based on cytochrome b and D-loop regions of mtDNA. The analysis was carried out in a dedicated ancient DNA facility, including strict contamination controls and multiple repeats of both PCR and sequencing. No systematic contamination was detected over the course of this study, further supporting the authenticity of the ancient DNA data obtained. The mtDNA haplotypes of 105 of the humpback whales was determined using a 344bp D-loop sequence assembled from multiple overlapping DNA fragments. The genetic diversity of ancient humpback whales (π=0.0147 and h=0.804) falls within the range of modern Pacific humpback whales. Since some of the major genetic signatures can still be observed in today’s populations, results indicate a strong resilience despite industrial whaling during the 19th century. The majority of whale remains in this study were identified as humpback whale and to a lesser degree as grey whale (13%), supporting the notion that the ancestors of the Nuu-chah-nulth people probably practised whaling almost 5000 years ago. Humpback whale could be more easily targeted using traditional techniques based on the whale’s speed and proximity to the shore. Other species such as finback and right whale (among others) only appear in archaeological records younger than 2000BP, which may indicate an improvement of hunting techniques over time.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».