An <scp>ER</scp>‐directed transcriptional response to unfolded protein stress in the absence of conserved sensor‐transducer proteins in <i><scp>G</scp>iardia lamblia</i>
Notice bibliographique
Résumé
The protozoan Giardia lamblia has a minimized organelle repertoire, and most strikingly lacks a classical stacked Golgi apparatus. Nevertheless, Giardia trophozoites constitutively secrete variant surface proteins, and dramatically increase the volume of protein secretion during differentiation to cysts. Eukaryotic cells have evolved an elaborate system for quality control (QC) of protein folding and capacity in the endoplasmic reticulum (ER). Upon ER-overload, an unfolded protein response (UPR) is triggered on transcriptional/translational level aiming at alleviating ER stress. In Giardia, a minimized secretory machinery and absence of glycan-dependent QC suggests that a genetically conserved UPR (or functional equivalent) to cope with insults to the secretory system has been eliminated. We tested this hypothesis of UPR elimination by profiling the transcriptional response during induced ER-folding stress. We show that on the contrary, ER-folding stress triggers a stressor-specific, ER-directed response with upregulation of only ~ 30 genes, with different kinetics and scope compared with the UPR of other eukaryotes. Computational genomics revealed conserved cis-acting motifs in upstream regions of responder genes capable of stressor-specific gene regulation in transfected cells. Interestingly, the sensors/transducers of folding stress, well conserved in model eukaryotes, are absent in Giardia suggesting the presence of a novel version of this essential eukaryotic function.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».