Characterization of two aerobic ultramicrobacteria isolated from urban soil and a description of Oxalicibacterium solurbis sp. nov.
Notice bibliographique
Résumé
Two strains of aerobic, non-spore-forming, Gram-negative, rod-shaped bacteria (ND5 and MY14(T)), previously isolated from urban soil using the membrane-filter enrichment technique, were characterized. Analysis of their 16S rRNA gene sequence grouped strains ND5 and MY14(T) within the family Oxalobacteraceae (Betaproteobacteria). The highest pairwise sequence similarities for strain ND5 were found with members of the genus Herminiimonas, namely with Herminiimonas saxobsidens NS11(T) (99.8%) and Herminiimonas glaciei UMB49(T) (99.6%). Although some fatty acid profiles, physiological and biochemical differences exist between strain ND5 and the respective Herminiimonas-type strains, DNA-DNA hybridization experiments confirm that strain ND5 is a member of the H. glaciei genospecies. Taxonomical analyses revealed a wider range of variability within this genus than considered previously. The highest pairwise nucleotide similarity for strain MY14(T) was found with Oxalicibacterium flavum (96.8%). Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and cpn60 gene sequences, DNA-DNA hybridization, fatty acid profiles, physiological and biochemical tests allowed genotypic and phenotypic differentiation of strain MY14(T) from other Oxalicibacterium species representing a new species, for which the name Oxalicibacterium solurbis sp. nov. (type strain MY14(T)=NBRC 102665(T),=CCM 7664(T)) is proposed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».