Determinants in the <scp><i>rpsT</i> mRNAs</scp> recognized by the 5′‐sensor domain of <scp>RNase E</scp>
Notice bibliographique
Résumé
RNase E plays a central role in processing virtually all classes of cellular RNA in many bacterial species. A characteristic feature of RNase E and its paralogue RNase G, as well as several other unrelated ribonucleases, is their preference for 5'-monophosphorylated substrates. The basis for this property has been explored in vitro. At limiting substrate, cleavage of the rpsT mRNA by RNase E (residues 1-529) is inefficient, requiring excess enzyme. The rpsT mRNA is cleaved sequentially in a 5' to 3' direction, with the initial cleavage(s) at positions 116/117 or 190/191 being largely driven by direct entry, independent of the 5'-terminus or the 5'-sensor domain of RNase E. Generation of the 147 nt 3'-limit product requires sequential cleavages that generate 5'-monophosphorylated termini on intermediates, and the 5'-sensor domain of RNase E. These requirements can be bypassed with limiting enzyme by deleting a stem-loop structure adjacent to the site of the major, most distal cleavage. Alternatively, this specific cleavage can be activated substantially by a 5'-phosphorylated oligonucleotide annealed 5' to the cleavage site. This finding suggests that monophosphorylated small RNAs may destabilize their mRNA targets by recruiting the 5-sensor domain of RNase E 'in trans'.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».