Single nucleotide polymorphism discovery through Illumina-based transcriptome sequencing and mapping in lentil
Notice bibliographique
Résumé
Lentil, which belongs to the family Leguminosae (Fabaceae), is a diploid (2n = 2x = 14 chromosomes) self-pollinating crop with a genome size of 4063 Mbp. Because of its nutritional importance and role in the fixation of nitrogen from the atmosphere, lentil is a widely used crop species in molecular genetic studies. By using DNA markers, to date, a limited number of polymorphic bands have been generated. Therefore, it is necessary to develop additional markers to saturate the genome at high density. Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are promising for this purpose because of their abundance, stability, and heredity; they can be used to generate a large number of markers over a short distance that are distributed in both intragenic and intergenic regions. Transcriptome sequencing technology was applied to 2 lentil genotypes, and cDNAs were sequenced using the Illumina platform. A total of 111,105,153 sequence reads were generated after trimming. The high-quality reads were assembled, producing 97,528 contigs with an N50 of 1996 bp. The Genome Analysis Tool Kit Unified Genotyper algorithm detected 50,960 putative SNP primers. A genetic linkage map was constructed by using JoinMap4.0 and the map consists of 7 major linkage groups that could be represented as 7 chromosomes of lentil. The extensive sequence information and large number of SNPs obtained in this study could potentially be used for future high-density linkage map construction and association mapping. The large number of contigs obtained in this study could be used for the identification of orthologous transcripts from cDNA data on other organisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».