Phylogenetic analysis of wheat cultivars in Kazakhstan based on the wheat 90 K single nucleotide polymorphism array
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The recent introduction of Illumina single nucleotide polymorphism (SNP) arrays is an important step towards comprehensive genome-wide studies of genetic diversity in wheat. In this study, 90 cultivars of hexaploid spring wheat growing in Kazakhstan were genotyped using the high-density wheat 90 K Illumina SNP array. The analysis allowed the identification of 30,288 polymorphic SNPs. A subset of 3541 high-quality SNPs were used for a comparison of 690 wheat accessions representing landraces and varieties, including those from Asia, Australia, Canada, Europe, Kazakhstan, USA and other parts of the world. Phylogenetic analysis showed a clear separation of wheat cultivars according to their geographic origin. In the phylogenetic tree, accessions from Kazakhstan and the USA formed two neighbouring clusters with a common node, and they were distinct from accessions from other regions of the world, including Europe. The results provide important new insights into the genetic relationships between diverse wheat accessions.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle