IGS Minisatellites Useful for Race Differentiation in Colletotrichum lentis and a Likely Site of Small RNA Synthesis Affecting Pathogenicity
Notice bibliographique
Résumé
Colletotrichum lentis is a fungal pathogen of lentil in Canada but rarely reported elsewhere. Two races, Ct0 and Ct1, have been identified using differential lines. Our objective was to develop a PCR-probe differentiating these races. Sequences of the translation elongation factor 1α (tef1α), RNA polymerase II subunit B2 (rpb2), ATP citrate lyase subunit A (acla), and internal transcribed spacer (ITS) regions were monomorphic, while the intergenic spacer (IGS) region showed length polymorphisms at two minisatellites of 23 and 39 nucleotides (nt). A PCR-probe (39F/R) amplifying the 39 nt minisatellite was developed which subsequently revealed 1-5 minisatellites with 1-12 repeats in C. lentis. The probe differentiated race Ct1 isolates having 7, 9 or 7+9 repeats from race Ct0 having primarily 2 or 4 repeats, occasionally 5, 6, or 8, but never 7 or 9 repeats. These isolates were collected between 1991 and 1999. In a 2012 survey isolates with 2 and 4 repeats increased from 34% to 67%, while isolated with 7 or 9 repeats decreased from 40 to 4%, likely because Ct1 resistant lentil varieties had been grown. The 39 nt repeat was identified in C. gloeosporioides, C. trifolii, Ascochyta lentis, Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea. Thus, the 39F/R PCR probe is not species specific, but can differentiate isolates based on repeat number. The 23 nt minisatellite in C. lentis exists as three length variants with ten sequence variations differentiating race Ct0 having 14 or 19 repeats from race Ct1 having 17 repeats, except for one isolate. RNA-translation of 23 nt repeats forms hairpins and has the appropriate length to suggest that IGS could be a site of small RNA synthesis, a hypothesis that warrants further investigation. Small RNA from fungal plant pathogens able to silence genes either in the host or pathogen thereby aiding infection have been reported.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».