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Enregistrement W1893074844 · doi:10.4141/cjps-2014-254

Identification and characterization of <i>S-RNase</i> genes and <i>S</i>-genotypes in <i>Prunus</i> and <i>Malus</i> species

2014· article· en· W1893074844 sur OpenAlexvenueno aff
Chao Gu, Lu Wang, Schuyler S. Korban, Yuepeng Han

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Plant Science · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Reproductive Biology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPrunusMalusBiologyLocus (genetics)GeneticsAlleleGenotypeGeneRosaceaeBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Gu, C., Wang, L., Korban, S. S. and Han, Y. 2015. Identification and characterization of S-RNase genes and S-genotypes in Prunus and Malus species. Can. J. Plant Sci. 95: 213–225. Most Rosaceae fruit trees such as Prunus and Malus species exhibit gametophytic self-incompatibility that is genetically controlled by the S-locus. In turn, the S-locus contains at least two tightly-linked S-determinant genes, a pistil S-RNase and a pollen SFB. In this study, S-genotypes of 120 cultivated and wild Prunus accessions (peach) and seven wild Malus accessions (crabapple) have been characterized. Among cultivated Prunus genotypes, four S-RNase alleles, designated S 1 , S 2 , S 3 , and S 4 , have been identified, and they share typical structural features of S-RNases from all other self-incompatible Prunus species. Four S-genotypes, S 1 S 2 , S 1 S 3 , S 1 S 4 , and S 2 S 2 , were identified in peach cultivars, while only one S-genotype S 1 S 2 for wild Prunus species. The S 1 S 2 genotype is predominant in peach cultivars, accounting for 58.3% of all evaluated accessions. Similarly, four SFB alleles were identified in peach cultivars and wild accessions. However, all the four SFB alleles encode truncated proteins due to a frame-shift mutation, resulting in loss of hyper-variable and/or variable regions. For Malus species, a total of 14 S-RNase alleles are identified, and of those, two alleles encode truncated proteins. Overall, the genetic variation of both S-RNase and SFB genes in peach is significantly lower than that of S-RNase and SFB genes in self-incompatible Malus and/or Prunus species. The relationship between the genetic variation of SFB genes and the diversification of S-RNase genes in Rosaceae is also discussed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,270
Score d'incertitude au seuil0,240

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,188
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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