Conformational Changes of the Antibacterial Peptide ATP Binding Cassette Transporter McjD Revealed by Molecular Dynamics Simulations
Notice bibliographique
Résumé
The ATP binding cassette (ABC) transporters form one of the largest protein superfamilies. They use the energy of ATP hydrolysis to transport chemically diverse ligands across membranes. An alternating access mechanism in which the transporter switches between inward- and outward-facing conformations has been proposed to describe the translocation process. One of the main open questions in this process is the degree of opening of the transporter at different stages of the transport cycle, as crystal structures and biochemical data have suggested a wide range of distances between nucleotide binding domains. Recently, the crystal structure of McjD, an antibacterial peptide ABC transporter from Escherichia coli, revealed a new occluded intermediate state of the transport cycle. The transmembrane domain is closed on both sides of the membrane, forming a cavity that can accommodate its ligand, MccJ25, a lasso peptide of 21 amino acids. In this work, we investigate the degree of opening of the transmembrane cavity required for ligand translocation. By means of steered molecular dynamics simulations, the ligand was pulled from the internal cavity to the extracellular side. This resulted in an outward-facing state. Comparison with existing outward-facing crystal structures shows a smaller degree of opening in the simulations, suggesting that the large conformational changes in some crystal structures may not be necessary even for a large substrate like MccJ25.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».