Phylogenetic inference and trait evolution of the psychedelic mushroom genus<i>Psilocybe</i>sensu lato (Agaricales)
Notice bibliographique
Résumé
The genus Psilocybe contains iconic species of fungi renowned for their hallucinogenic properties. Recently, Psilocybe also included non-hallucinogenic species that have since been shifted to the genus Deconica. Here, we reconstruct a multigene phylogeny for Psilocybe, Deconica, and other exemplars of the families Hymenogastraceae and Strophariaceae sensu stricto (s. str.), using three nuclear markers (nLSU-rRNA, 5.8S rRNA, and rpb1). Our results confirm the monophyly of Deconica within Strophariaceae s. str., as well as numerous robust infrageneric relationships. Psilocybe is also recovered as a monophyletic group in the Hymenogastraceae, in which two principal lineages are recognized, including several nested subgroups. Most sections of Psilocybe following classifications based on morphological features are not supported in these analyses. Ancestral character state reconstruction analyses suggest that basidiospore shape in frontal view and spore wall thickness, commonly used to characterize sections in Deconica and Psilocybe, are homoplastic. Chrysocystidia, sterile cells located in the hymenium, evolved on at least two occasions in the Strophariaceae s. str., including in a novel lineage of Deconica.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».