Relative Stability of Major Types of <i>β</i>‐Turns as a Function of Amino Acid Composition: A Study Based on Ab Initio Energetic and Natural Abundance Data
Notice bibliographique
Résumé
Folding properties of small globular proteins are determined by their amino acid sequence (primary structure). This holds both for local (secondary structure) and for global conformational features of linear polypeptides and proteins composed from natural amino acid derivatives. It thus provides the rational basis of structure prediction algorithms. The shortest secondary structure element, the beta-turn, most typically adopts either a type I or a type II form, depending on the amino acid composition. Herein we investigate the sequence-dependent folding stability of both major types of beta-turns using simple dipeptide models (-Xxx-Yyy-). Gas-phase ab initio properties of 16 carefully selected and suitably protected dipeptide models (for example Val-Ser, Ala-Gly, Ser-Ser) were studied. For each backbone fold most probable side-chain conformers were considered. Fully optimized 321G RHF molecular structures were employed in medium level [B3LYP/6-311++G(d,p)//RHF/3-21G] energy calculations to estimate relative populations of the different backbone conformers. Our results show that the preference for beta-turn forms as calculated by quantum mechanics and observed in Xray determined proteins correlates significantly.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».