Development and Application of a Novel Real‐Time PCR Assay for <i>Citrobacter rodentium</i> Quantification
Notice bibliographique
Résumé
Citrobacter rodentium is a murine pathogen causing transmissible colonic hyperplasia and used to model intestinal colitis including foodborne Escherichia coli O157:H7 pathogenesis. Several probiotics have been found to alleviate infection and Bifidobacterium bifidum MIMBb75 may be effective because it strongly adheres to colonocytes and modifies the gut microbiota. C. rodentium is typically quantified by classical culturing; the aim of this study was to establish a novel molecular assay based on quantitative real-time PCR. Primers were designed to target the C. rodentium-specific espB gene. Specificity was validated in silico and experimentally with a range of intestinal bacteria. A standard curve was constructed using serially diluted C. rodentium DNA depicting a linearity range (R2 > 0.99) of 102 to 107 cells per PCR reaction (efficiency 96%) and sensitivity of 104 cells/g feces. To assess effects of B. bifidum MIMBb75 on C. rodentium fecal load, C57BL/6J mice were gavaged with 109 cells of B. bifidum MIMBb75 in PBS or PBS alone daily from 7 days before to 10 days post infection (PI) with 109 cells of C. rodentium. Fecal counts of C. rodentium at day 10 PI were quantified with the novel qPCR assay and did not differ significantly between the treatment and control group (6.0 ± 0.4 and 6.4 ± 0.1 log cells/g feces, respectively). This was confirmed by classical culturing. This is the first real-time PCR assay specific for C. rodentium and it can be used to determine its load and distribution along the intestinal tract in response to preventive and therapeutic interventions. Other probiotics were unable to reduce fecal load yet mitigated inflammation thus, further research is warranted. *co-first authors Funding JP Bickell Foundation, NSERC, NSERC USRA
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».