A pyrosequencing‐based method to quantify genetic substitutions associated with resistance to succinate dehydrogenase inhibitor fungicides in <i>Botrytis</i> spp. populations
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The genetic underlying resistance mechanisms in the population of the phytopathogenic fungus Botrytis cinerea are well documented. Specifically, several genetic substitutions associated with succinate dehydrogenase inhibitor (SDHI)-based fungicide resistance have been identified in the succinate dehydrogenase gene. The objective of the present work was to develop a molecular tool for accurate quantification of these genetic substitutions within Botrytis populations. A test using the PyroMark Q24 instrument was designed to detect and quantify five genetic substitutions associated with SDHI resistance. RESULTS: The technique is based on sequencing by synthesis, and it generated quantitative and accurate data with a limit of quantification of a minimum of 500 spores. There was a linear relationship between the known and estimated percentages of spores with the targeted genetic substitutions and wild-type strains at ratios of 0-100%, with a 20% increment. CONCLUSION: With the pyrosequencing assay developed in this study, a large number of Botrytis spp. individuals can be characterised in a timely fashion with greater accuracy than by commonly used methods. Hence, pyrosequencing-based methods will be useful for improving our understanding of fungicide resistance, detecting the arrival of new genetic substitutions, monitoring shifts in fungal populations and assessing the effectiveness of antiresistance strategies, and for routine monitoring of fungicide resistance.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle