Fifteen Years of Evolutionary Genomics in<i>Caenorhabditis elegans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The nematode worm Caenorhabditis elegans , introduced by Sydney Brenner for the genetic analysis of nervous system formation, is now a powerful model organism for studying nearly all aspects of biology, from development to diseases to evolution. Sequencing and analysis of the worm genome revealed intriguing nonrandom patterns of genome organisation and unusual features such as abundant operons. Surprising upon first discovery, worms and humans have a similar number of genes that are comprised of a similar proportion of transcription factors to regulate their genomes. However, differences in small ribonucleic acid content may contribute to differences in organismal complexity. In nature, the bacterivorous C. elegans is found primarily on rotting vegetation in temperate regions across the world. Natural selection, combined with the low effective recombination rate associated with selfing, strongly reduces nucleotide variation across the genome, yielding similarly low polymorphism to other selfing hermaphrodite species ofCaenorhabditis. The genusCaenorhabditisprovides a superb model system for ecological and evolutionary genetics, benefiting from C. elegans tools and information when applied to investigations of species with a higher polymorphism and better known ecological context. Key Concepts: The nematodeCaenorhabditis elegans, introduced by Sydney Brenner for the genetic analysis of nervous system development, was the first metazoan to have a complete sequenced genome and is now a model organism for nearly all fields of biology. Many genomic features are not randomly distributed along C. elegans chromosomes and are prevalent either in the chromosome arms or in its centre. An unusually large fraction of protein‐coding genes is organised in operons, possibly optimising transcriptional resources during recovery from developmental arrest. Gene duplication and alternative splicing contribute to extensive diversification of gene function, with 10.5% of protein‐coding genes having paralogs and 25% of genes being alternatively spliced. The ratio of transcription factors to protein‐coding genes is similar in worms and humans but the two species differ greatly in their microRNA content. The differences in chromatin states contribute to phenotypic variation and the transgenerational epigenetic inheritance suggests a role for epigenetic information in evolution. The rate of duplication is two orders of magnitude greater than the nucleotide mutation rate, highlighting the role of gene duplication in the evolution of the C. elegans genome. Caenorhabditisis not a soil nematode but instead proliferates and feeds on bacteria in rotting vegetation. Population genetic variation is strongly affected by the mating system ofCaenorhabditis, with very low polymorphism in selfing hermaphroditic species relative to outcrossing gonochoristic species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».