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Enregistrement W1910383848 · doi:10.4049/jimmunol.1500161

Determinants of Gliadin-Specific T Cell Selection in Celiac Disease

2015· article· en· W1910383848 sur OpenAlexaff
Jan Petersen, Jeroen van Bergen, Khai Lee Loh, Yvonne Kooy–Winkelaar, Dennis X. Beringer, Allan Thompson, Sjoerd F. Bakker, Chris J. Mulder, Kristin Ladell, James E. McLaren, David A. Price, Jamie Rossjohn, Hugh H. Reid, Frits Koning

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Immunology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCeliac Disease Research and Management
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilAustralian SynchrotronNational Health and Medical Research CouncilWellcome Trust
Mots-clésT cellT-cell receptorBiologyHuman leukocyte antigenCD8AntigenMolecular biologyImmune systemGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In HLA-DQ8-associated celiac disease (CD), the pathogenic T cell response is directed toward an immunodominant α-gliadin-derived peptide (DQ8-glia-α1). However, our knowledge of TCR gene usage within the primary intestinal tissue of HLA-DQ8 (+) CD patients is limited. We identified two populations of HLA-DQ8-glia-α1 tetramer(+) CD4(+) T cells that were essentially undetectable in biopsy samples from patients on a gluten-free diet but expanded rapidly and specifically after antigenic stimulation. Distinguished by expression of TRBV9, both T cell populations displayed biased clonotypic repertoires and reacted similarly against HLA-DQ8-glia-α1. In particular, TRBV9 paired most often with TRAV26-2, whereas the majority of TRBV9(-) TCRs used TRBV6-1 with no clear TRAV gene preference. Strikingly, both tetramer(+)/TRBV9(+) and tetramer(+)/TRBV9(-) T cells possessed a non-germline-encoded arginine residue in their CDR3α and CDR3β loops, respectively. Comparison of the crystal structures of three TRBV9(+) TCRs and a TRBV9(-) TCR revealed that, as a result of distinct TCR docking modes, the HLA-DQ8-glia-α1 contacts mediated by the CDR3-encoded arginine were almost identical between TRBV9(+) and TRBV9(-) TCRs. In all cases, this interaction centered on two hydrogen bonds with a specific serine residue in the bound peptide. Replacement of serine with alanine at this position abrogated TRBV9(+) and TRBV9(-) clonal T cell proliferation in response to HLA-DQ8-glia-α1. Gluten-specific memory CD4(+) T cells with structurally and functionally conserved TCRs therefore predominate in the disease-affected tissue of patients with HLA-DQ8-mediated CD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,478
Score d'incertitude au seuil0,172

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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