Characterization of bacterial populations recovered from the teat canals of lactating dairy and beef cattle by 16S rRNA gene sequence analysis
Notice bibliographique
Résumé
Bovine mastitis is of major concern to the dairy industry worldwide. The bovine teat canal is the primary route through which pathogens enter the mammary gland. The microflora of the teat canals of dairy and beef cattle was investigated by analysis of 16S rRNA gene sequences. The goal was to examine the global difference between dairy cattle, which are sanitized on a regular basis, and beef cattle, which receive little sanitary management. A diverse population of 16S rRNA gene sequences was recovered from both the dairy and the beef herd samples, with diversity higher in the beef sample. Analysis revealed the presence of 90 operational taxonomic units (OTUs) among 156 sequences, with 45 OTUs in the dairy sample and 53 OTUs in the beef sample. Only eight OTUs were common to both samples. Members of the classes Clostridia and Bacilli dominated both samples, followed by Actinobacteria and Proteobacteria. The dairy sample contained a cluster (20/80 clones) of Staphylococcaceae members, seven of which were identifiable as coagulase-negative Staphylococcus species. The beef sample was dominated by members of the genus Clostridia, many of which have not been previously cultured. The results suggest that the microorganisms present in the bovine teat canal are more diverse than previously described.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».