Potential and limitations of bovine-specific arrays for the analysis of mRNA levels in early development: preliminary analysis using a bovine embryonic array
Notice bibliographique
Résumé
New insights into the early development of large mammals are becoming available through the measurement of differential mRNA levels in oocytes and preimplantation embryos. These advances in knowledge are rapidly picking up in pace, mainly owing to the advantages brought by new molecular biology approaches being developed. The possibility of amplifying the starting material and therefore making measurements in single embryo units is now feasible. With these tools, the evaluation of variations in gene expression patterns during the preimplantation period or the impact of culture on mRNA levels is now possible. However, it is important to keep in mind that these methods still have limitations associated with sample preparation or the use of the appropriate controls. Even proper methods of analysis are very important to achieve the full benefit of the application of these tools. The present paper describes some of the potential, as well as limitations, of mRNA level analysis in early embryos, especially for microarray analysis. We have generated a bovine cDNA array (>2000 clones) that contains expressed sequence tags (ESTs) collected from various preimplantation development stages. Using this chip, we have initiated the characterisation of global mRNA level patterns of several key developmental stages from the immature oocyte to the blastocyst stage. As expected, the hybridisation results indicate very different expression profiles involving hundreds of genes when comparing oocyte and blastocyst samples to a reference mRNA sample made from a pool of ESTs from pooled somatic tissues. Although this array is still in its preliminary stage and the EST bank has not been processed to contain only unigenes, it is already a very useful tool for discovering candidate genes that may play important roles during early embryonic life.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».