Investigation of Interaction between Pax-5 Isoforms and Thioredoxin Using De Novo Modelling Methods
Notice bibliographique
Résumé
Pax-5 transcription factor plays a crucial role in B-cell development, activation and differentiation. In murine B-cells four different isoforms of Pax-5 have been identified, and their role in the regulation of the activity of the wild-type protein was revealed although still not fully understood. Using theoretical methods, we investigated the properties of one region of the Pax-5e and Pax-5d isoforms (named UDE domain) and we present a possible theoretical model for the interaction of this domain with thioredoxin that have been previously postulated based on the experimental results. Domain UDE (MW 4.8 kDa) is characterised by an extremely high ratio of positively charged residues (8) in comparisons to negatively charged amino acids (3), as well as unusually large concentrations of prolines (11.6%) and cysteines (4.7%). This is indicative of its role in protein-protein interaction. The experimental 3D structure for either UDE domain or for any analogous sequence is not yet available, and therefore we resorted to various bioinformatics methods in order to predict the secondary and 3D structure from the primary sequence of UDE. Physicochemical properties of the predicted UDE structure gave more indication about possibilities for UDE-thioredoxin binding. In addition, UDE domain was shown to have both sequence and structure analogous to a segment of NAD-reducing hydrogenase HOXS a subunit which is believed to interact with thioredoxin. These studies showed that the UDE domain in Pax-5d and Pax-5e represents an ideal binding site for thioredoxin and we developed a model of UDE-TRX complex with two disulphide bridges. The active site of thioredoxin remained exposed after binding to UDE in this model and therefore binding of thioredoxin to Pax-5d could explain the unexpectedly high resistance of this isoform to oxidation. The complex between thioredoxin and Pax-5e can be a method for transportation of thioredoxin into the nucleus and also into the the vicinity of Pax-5a, explaining the observed activator role of Pax-5e.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».