SNP signatures of selection on standing genetic variation and their association with adaptive phenotypes along gradients of ecological speciation in lake whitefish species pairs (Coregonus spp.)
Notice bibliographique
Résumé
As populations adapt to novel environments, divergent selection will promote heterogeneous genomic differentiation via reductions in gene flow for loci underlying adaptive traits. Using a data set of over 100 SNP markers, genome scans were performed to investigate the effect of natural selection maintaining differentiation in five lakes harbouring sympatric pairs of normal and dwarf lake whitefish (Coregonus clupeaformis). A variable proportion of SNPs (between 0% and 12%) was identified as outliers, which corroborated the predicted intensity of competitive interactions unique to each lake. Moreover, strong reduction in heterozygosity was typically observed for outlier loci in dwarf but not in normal whitefish, indicating that directional selection has been acting on standing genetic variation more intensively in dwarf whitefish. SNP associations in backcross hybrid progeny identified 16 genes exhibiting genotype-phenotype associations for four adaptive traits (growth, swimming activity, gill rakers and condition factor). However, neither simple relationship between elevated levels of genetic differentiation with adaptive phenotype nor conspicuous genetic signatures for parallelism at outlier loci were detected, which underscores the importance of independent evolution among lakes. The integration of phenotypic, transcriptomic and functional genomic information identified two candidate genes (sodium potassium ATPase and triosephosphate isomerase) involved in the recent ecological divergence of lake whitefish. Finally, the identification of several markers under divergent selection suggests that many genes, in an environment-specific manner, are recruited by selection and ultimately contributed to the repeated ecological speciation of a dwarf phenotype.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».