Outlier SNPs show more genetic structure between two Bay of Fundy metapopulations of Atlantic salmon than do neutral SNPs
Notice bibliographique
Résumé
Atlantic salmon of Eastern Canada were once of considerable importance to aboriginal, recreational, and commercial fisheries, yet many populations are now in decline, particularly those of the inner Bay of Fundy (iBoF), which were recently listed as endangered. We investigated whether nonneutral SNPs could be used to assign individual Atlantic salmon accurately to either the iBoF or the outer Bay of Fundy (oBoF) metapopulations because this has been difficult with existing neutral markers. We first searched for markers under diversifying selection by genotyping eight captively bred Bay of Fundy (BoF) populations for 320 SNP loci with the Sequenom MassARRAY™ system and then analysed the data set with four different F(ST) outlier detection programs. Three outlier loci were identified by both BayesFST and BayeScan whereas seven outlier loci, including the three previously mentioned, were identified by both Fdist and Arlequin. A subset of 14 nonneutral SNPs was more accurate (85% accuracy) than a subset of 67 neutral SNPs (75% accuracy) at assigning individual salmon back to their metapopulation. We then chose a subset of nine outlier SNP markers and used them to inexpensively genotype archived DNA samples from seven wild BoF populations using Invader™ chemistry. Hierarchical AMOVA of these independent wild samples corroborated our previous findings of significant genetic differentiation between iBoF and oBoF salmon metapopulations. Our research shows that identifying and using outlier loci is an important step towards achieving the goal of consistently and accurately distinguishing iBoF from oBoF Atlantic salmon, which will aid in their conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».