Application of Exome Sequencing to Mendelian Disorders and the Emergence of Personalised Medicine
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Since the introduction of next‐generation sequencing, the field of genomic medicine has expanded rapidly. Whole‐exome sequencing (WES) can sequence thousands of functional genes at a time and has become the tool of choice for the discovery of causative genetic variants, especially for Mendelian diseases. This approach also expands the knowledge of novel mutations of established genes linked to a particular disease, and helps to uncover the complex interplay between modifier variants that contribute to a disease phenotype. For these reasons, WES can perform diagnoses that would be difficult to accomplish with traditional methods, particularly for diseases that exhibit a broad genetic or phenotypic heterogeneity. Together, these trends already have begun to influence the quality of patient care and appear to fulfil the promise of personal medicine. The article summarises recent literature that highlights these trends, and discusses the limitations and ethical considerations surrounding this new technology. Key Concepts: Next‐generation sequencing is driving the emergence of personalised medicine. Superiority of WES as a diagnostic tool over traditional genetic methods is apparent, especially for diseases that are genetically and phenotypically heterogenous. WES utility is a rapidly expanding field of genetic aetiology. The underlying genetic complexity of monogenic diseases might have been underappreciated. The clinical manifestation of monogenic diseases is driven by a complex interplay of a multitude of genetic modifiers. The incidentalome remains an important ethical issue, but important steps forward have been taken with the work of Dr. Berg and collaborators commencing in 2011. The rapidly expanding field of genomics faces important technical limitations: storage space and analysis capability. Important ethical questions need to be addressed with regard to the use of NGS technology; this includes rights to data access and issues regarding follow‐up data reanalysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,039 | 0,066 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,008 |
| Communication savante | 0,004 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».