Phylogenetic relationships among the first and second introns of selected <i>Prunus S</i>-RNase genes
Notice bibliographique
Résumé
Rahemi, A., Gradziel T.M., Chaparro J.X., Folta, K.M., Taghavi, T., Fatahi, R., Ebadi, A. and Hassani, D. 2015. Phylogenetic relationships among the first and second introns of selected Prunus S-RNase genes. Can. J. Plant Sci. 95: 1145–1154. To identify and evaluate self-incompatible alleles in almonds and related germplasm, DNA from 15 Prunus species was amplified using two degenerate consensus primer pairs flanking first and second S-locus introns (PaConsI-FD+EM-Pc1ConsRD and EM-Pc2ConsFD+EM-Pc3ConsRD). Twenty-eight amplified PCR products were analyzed by automated sequencer capillary electrophoresis. Sequenced fragments were aligned against available Prunus S-locus sequences in the National Center for Biotechnology Information and S-alleles identities were determined. The phylogenetic relationships between S-alleles in the germplasm studied were determined by the homology between their sequences and dendrograms were obtained for each primer pair. The Maximum Likelihood (homology) ranged from 84 to 100%. Most sequences were similar to cultivated almond (Prunus dulcis) or to the European wild almond (P. webbii). Twenty-six alleles for the first and the second introns were registered in the database in the GenBank. Two sequences of the first and second introns, which were taken from Prunus nairica and had similarity in GenBank, were registered in the database under a common sequence of the first and second intron. Analysis of phylogenetic relationships (dendrograms) among S-alleles from wild almond species as well as S-alleles cluster relations showed most pairs of alleles well supported by bootstrap.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».