QM/MM molecular dynamics simulations of the hydration of Mg(II) and Zn(II) ions
Notice bibliographique
Résumé
The hydration of Mg 2+ and Zn 2+ is examined using molecular dynamics simulations using 3 computational approaches of increasing complexity: the CHARMM nonpolarizable force field based on the TIP3P water model, the Drude polarizable force field based on the SWM4-NDP water model, and a combined QM/MM approach in which the inner coordination sphere is represented using a high-quality density functional theory (DFT) model (PBE/def2-TZVPP), and the remainder of the bulk water solvent is represented using the polarizable SWM4-NDP water model. The characteristic structural distribution functions (radial, angular, and tilt) are comparedand show very good agreement between the polarizable force field and QM/MM approaches. They predict an average Mg–O distance of 2.11 Å and an Zn–O distance of 2.13 Å, in good agreement with the available experimental neutron scattering and EXAFS data, while the Mg–O distances calculated using the nonpolarizable force field are 0.1 Å too short. Mg 2+ (aq) and Zn 2+ (aq) both have a coordination number of 6 and have a remarkably similar octahedral coordination mode, despite the chemical differences between these ions. Thermodynamic integration was used to calculate the relative hydration free energies of these ions (ΔΔG hydr ). The nonpolarizable model is in error by 60 kcal mol – 1 and incorrectly predicts that Mg 2+ has the more negative hydration energy. The Drude polarizable model predicts a ΔΔG hydr of only –13.2 kcal kcal mol – 1 , an improvement over the results of the nonpolarizable force field, but still signficantly different than the experimental value of –30.1 kcal mol –1 . The combined QM/MM approach performs much better, predicting a ΔΔG hydr of –34.8 kcal mol –1 in excellent agreement with experiment. These calculations support the experimental observation that Zn 2+ has more favourable solvation free energy than Mg 2+ despite having a very similar solvation structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».