Isolation, characterisation and phylogenetic analysis of resistance gene analogues in a wild species of peach (<i>Prunus kansuensis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Cao, K., Wang, L. R., Zhu, G. R., Fang, W. CH. and Chen, CH. W. 2011. Isolation, characterisation and phylogenetic analysis of resistance gene analogues in a wild species of peach ( Prunus kansuensis ). Can. J. Plant Sci. 91: 961–970. Conserved motifs, such as nucleotide binding site (NBS) and leucine-rich repeat (LRR) domains, have been found in resistance (R) genes cloned from plant species. These allow the study of plant defence mechanisms and isolating candidate genes in several species including peaches. Seventy-five resistance gene analogues (RGA) were identified using two different degenerative primer pairs in the Honggengansutao (Prunus kansuensis), a wild species of peach resistant to drought and nematodes. Through aligning their amino-acid sequences, P-loop and GLPL motifs were found in 48 RGAs with open-reading frames (ORF). These RGAs and 17 RGAs from Arabidopsis thaliana, Capsicum annuum and Solanum lycopersicum were grouped into two classes by phylogenetic analysis: toll and interleukin-1 receptor (TIR)- and non-TIR-NBS. Most Honggengansutao RGAs were TIR-NBS. A semiquantitative RT-PCR analysis revealed transcript-level variations of 22 RGAs in the young leaves, flowers, fruits and roots of the Honggengansutao, demonstrating their probable role in resistance against diseases attacking the organs. This is the first large-scale analysis of NBS-LRR RGAs in P. kansuensis, this technique has the potential for involvement in rootstock breeding. It will foster further R gene isolation and exploitation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».