Secoviridae: The Amalgamation of the Families <i>Sequiviridae</i> and <i>Comoviridae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Several plant viruses share features with animal and human viruses of the family Picornaviridae , including a conserved structure of both the virus particle and the viral genome, expressing viral proteins by proteolytic cleavage of large polyproteins and encoding replication proteins with conserved sequence motifs. Members of the family Comoviridae were originally described as the only plant picorna‐like viruses. Other plant picorna‐like viruses were later discovered and classified in the family Sequiviridae . Sequiviridae and Comoviridae are related to each other in phylogenetic studies and share the common property of encoding specialized proteins to enable their movement in the plant. Recently, it was proposed to regroup plant picorna‐like viruses into a single family termed ‘secoviridae’. The proposed family amalgamates the families Comoviridae and Sequiviridae , and incorporates other plant picorna‐like viruses currently classified in the genera Sadwavirus and Cheravirus , and the proposed genus ‘ Torradovirus ’. Key concepts: Many plant viruses are related to the animal and human picornaviridae and to other picorna‐like viruses infecting algae and arthropods. A recent update in the taxonomy of plant picorna‐like viruses has lead to the creation of the family ‘secoviridae’ which amalgamates the families Comoviridae and Sequiviridae as well as the existing genera Cheravirus , Sequivirus and the proposed genus ‘torradovirus’. Secoviridae share many common characteristics including having both similar virus particle structures and genomic organizations, and requiring a specialized protein to facilitate their movement within the host plant. Secoviridae produce their proteins in the form of large polyproteins that are cleaved at specific sites by a viral proteinase. Replication of the viral RNA occurs in large protein complexes in association with intracellular membranes from the host. Plant cells infected with secoviridae generally display tubular structures that are composed of the viral movement protein, contain virus‐like particles and traverse the cell wall. These tubular structures are probably involved in the movement of the virus from cell to cell. Secoviridae can be transmitted through seeds and pollen or with the help of nematode or arthropod vectors and their spread in the field is largely dependent on their mode of transmission.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».