The expression patterns of <i>Cucumis sativus</i> WRKY (CsWRKY) family under the condition of inoculation with <i>Phytophthora melonis</i> in disease resistant and susceptible cucumber cultivars
Notice bibliographique
Résumé
Xu, X., Wang, R., Chao, J., Lin, Y., Jin, Q., He, X., Luo, S. and Wu, T. 2015. The expression patterns of Cucumis sativus WRKY (CsWRKY) family under the condition of inoculation with Phytophthora melonis in disease resistant and susceptible cucumber cultivars. Can. J. Plant Sci. 95: 1121–1131. Based on RNA-seq, we analyzed expression patterns of 55 CsWRKYs in the disease-resistant cultivar (JSH) and the disease-susceptible cucumber cultivar (B80) at 0 and 40 h post-inoculation with Phytophthora melonis. After inoculation with P. melonis, in JSH and B80, the number of up-regulated CsWRKY genes was both 25 with 22 commonly up-regulated genes, and there were 22 CsWRKY genes down-regulated in JSH and 23 in B80 with 18 commonly down-regulated genes, and there were eight CsWRKY genes with no or little change in transcript expression in JSH and seven in B80 with four common genes. Among the 55 CsWRKY genes, 17 genes showed significant differences (differences > twofold) in the degree of change of gene transcription level between JSH and B80 from RNA-seq data analysis, and the results validated using real-time PCR showed that there were only six genes (CsWRKY2, 20, 26, 35, 44, 52) out of the 17 that exhibited significant differences (differences > twofold) with four genes (CsWRKY2, 20, 26, 52) consistent with the data from RNA-seq and two genes (CsWRKY 35, 44) inconsistent with the data from RNA-seq. In addition, the six genes were strongly up-regulated after salicylic acid (SA) treatment with five genes (CsWRKY2, 20, 26, 35, 44) up to peak at 12 h and one gene (CsWRKY52) up to peak at 24 h in expression and that four CsWRKY genes (CsWRKY2, 20, 44, 52) out of six were strongly up-regulated with three genes (CsWRKY2, 20, 44) up to the highest point at 24 h and one gene (CsWRKY52) up after methyl jasmonate (MeJA) treatment. Based on the results above, we predicted CsWRKY2, 20, 26, 35, 44 and 52 may be involved in disease resistance of JSH against Phytophthora melonis by SA and (or) JA signaling pathway(s).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».