Phylogenetic analysis of the genus <i>Thricops</i> Rondani (Diptera: Muscidae) based on molecular and morphological characters
Notice bibliographique
Résumé
Abstract. The muscid genus Thricops Rondani comprises forty‐four species and two subspecies restricted to the northern hemisphere. A species‐level phylogenetic analysis of Thricops was conducted using forty‐four morphological characters, 426 bp of the nuclear gene white and 523 bp spanning the 5′ end of the cytochrome c oxidase subunit I (COI), the tRNA leucine gene (L2 region) and the 3′ end of the cytochrome c oxidase subunit II (COII). Thirty‐nine species and two subspecies of Thricops were included in the analysis. Two species of Azelia Robineau‐Desvoidy and one species of Hydrotaea Robineau‐Desvoidy were used as outgroups. Morphological characters were coded for all included species, the mitochondrial gene fragment (COI + II) was sequenced for a subset of seventeen species of Thricops and three outgroup species, and white for twelve of those seventeen Thricops species and two outgroup species. Six separate maximum parsimony analyses were performed on three taxon sets of different sizes ( n = 14, n = 20, n = 44). Results from the partition homogeneity test indicated no significant incongruence between data partitions, and four combined maximum parsimony analyses were conducted (DNA + morphology for n = 14; COI + II + morphology for n = 20; DNA + morphology for n = 20; DNA + morphology for n = 44). The relative contribution of each data partition to individual nodes was assessed using partitioned Bremer support. Strict consensus trees resulting from the unweighted analyses of each dataset are presented. Combination of datasets increased resolution for the small taxon set ( n = 14), but not for the larger ones ( n = 20, n = 44), most probably due to increasing amounts of missing data in the larger taxon sets. Results from both individual and combined analyses of the smaller taxon sets ( n = 14, n = 20) provided support for the monophyly of Thricops and a complete division of the genus into two monophyletic subgroups. The strict consensus cladograms resulting from the analysis of the morphological data alone and the combined data for the large taxa set ( n = 44) both supported the monophyly of the genus, but placed the species Thricops foveolatus (Zetterstedt) and Thricops bukowskii (Ringdahl) at the base of the ingroup, in a polytomy with a relatively well‐resolved branch comprising all remaining species of the genus. The basal position of these two species, included in the morphological taxon set but absent in the others, illustrates the potential pitfalls of taxon sampling and missing data in phylogenetic analyses. The synonymy of Alloeostylus with Thricops as proposed by previous authors was supported by our results. Relative contributions of different data partitions is discussed, with the mitochondrial sequence generally providing finer resolution and better branch support than white .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».