The evolutionary relationship of the transcriptionally active <i>fabp11a</i> (intronless) and <i>fabp11b</i> genes of medaka with <i>fabp11</i> genes of other teleost fishes
Notice bibliographique
Résumé
Here we describe the structure of the fatty acid-binding protein 11a and 11b genes (fabp11a and fabp11b) in medaka, and their evolutionary relationship to fabp11 genes from other teleost fishes. Initial studies indicated that the medaka fabp11a gene is intronless, but the fabp11b gene consists of four exons separated by three introns, a genomic organization that is characteristic of most members of the intracellular lipid-binding protein family. Based on genomic sequence, we conclude that the intronless fabp11a gene most likely arose as a result of reverse transcription of its mRNA transcript into cDNA followed by integration into chromosomal DNA. The ancestral intron-containing fabp11a gene was presumably lost from the medaka genome. The duplicated fabp11 genes extant in medaka encode polypeptides of 134 amino acids, which share highest sequence identity and similarity, and cluster in a distinct phylogenetic clade, with their orthologs in other teleost fishes. The fabp11a and fabp11b genes in medaka are therefore orthologs of the fabp11a and fabp11b genes, respectively, of other teleost fishes. No conserved gene synteny was found between medaka fabp11a and fabp11a genes from other teleost fishes, supporting our suggestion as to how this intronless gene arose. However, conserved gene synteny was evident between medaka fabp11b and fabp11b genes from other teleost fishes. The tissue-specific distribution of transcripts for medaka and zebrafish fabp11a and fabp11b genes revealed acquisition of a new function(s) in various tissues by the medaka fabp11b gene, which may explain the retention of sister duplicates of fabp11 in the medaka genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».