Familial rhabdoid tumour '<i>avant la lettre</i>'—from pathology review to exome sequencing and back again
Notice bibliographique
Résumé
Here we provide compelling evidence that next-generation sequencing will revolutionize diagnostics. We reappraised a case from 1991, published in 1993, describing the unique occurrence of an ovarian immature teratoma arising in a young woman and a clonally distinct intracerebral immature teratoma developing in her daughter. We conducted whole-exome sequencing on constitutional DNA from the mother and her daughter and identified a previously unreported nonsense mutation (c.3533G>A; p.Trp1178*) in the chromatin remodelling gene, SMARCA4, that was present in both individuals and was subject to nonsense-mediated decay. Tumour analysis by Sanger sequencing revealed a somatic SMARCA4 mutation in both the mother (c.2438+1G>T) and her daughter (c.3229C>T; p.Arg1077*), which are predicted to be truncating. As immature teratomas are classified as germ cell tumours, we performed a comprehensive mutation survey of 106 apparently sporadic germ cell tumours, but did not find any other clearly deleterious SMARCA4 mutations. Recently, inactivating mutations in SMARCA4 have been found in two cases of rhabdoid tumour predisposition syndrome type 2. In the light of these findings, renewed efforts to locate previously unobtainable tumour samples were successfully undertaken. Histopathological and immunohistochemical re-analysis of the daughter's tumour revealed that it was indeed a rhabdoid tumour (atypical teratoid/rhabdoid tumour). In this context, the original pathology report of the mother's ovarian tumour was re-interpreted as describing a malignant rhabdoid tumour of the ovary. This report raises the question as to whether molecular genetic analysis should be included in tumour classification, alongside more traditional microscopy-based methods. The use of new sequencing technologies, particularly when applied to archived samples, will lead to many more 'molecular rediagnoses'. This is the earliest known case of rhabdoid tumour predisposition syndrome type 2 and the first described case with an autosomal dominant pattern of inheritance, only discovered through an exome sequencing project.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».