Genetic Assessment of Taxonomic Uncertainty in Painted Turtles
Notice bibliographique
Résumé
There is ongoing uncertainty regarding the taxonomic status of Painted Turtles (genus Chrysemys). Most recently, a phylogenetic analysis of the mitochondrial DNA control region (mtCR) resulted in the elevation of a subspecies to the species level, resulting in two species being tentatively, but not universally, accepted: Chrysemys dorsalis and C. picta, the latter encompassing the three remaining subspecies. Here, we used expanded range-wide sampling and character data from PAX-P1 nuclear intron (n = 127) and mtCR (n = 259) to further investigate taxonomic uncertainty and paleogeography of Painted Turtles. We found five mtCR characters that distinguished C. dorsalis from C. picta; no such evidence was found in PAX-P1. Chrysemys dorsalis formed a monophyletic group in the reconstructed phylogenetic trees, whereas there was no genetic evidence for the distinctiveness of the three C. picta subspecies. The mtCR network showed C. dorsalis and C. p. bellii to each form relatively distinct clusters, whereas no clustering by morphotype was found in the PAX-P1 network. Lower levels of haplotypic diversity across the range of C. p. bellii are consistent with recent postglacial expansion to the west; however, observed mismatch distributions were multimodal, which does not indicate population expansion. Overall, the addition of nuclear DNA character data and expanded sampling support the tentative designation of C. dorsalis and C.picta (encompassing C. p. picta, C. p. bellii, and C. p. marginata) as separate species. Yet, lack of accompanying morphological data and potential for oversplitting due to targeting only individuals within the core of morphotype ranges suggests that further study is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».